Biološka fizika

Eksperimentalna i teorijska istraživanja odvijaju se na području znanosti o životu.

Glavna eksperimentalna istraživanja uključuju:

  • eksperimentalno istraživanje dinamike i strukture DNA i drugih (bio)polielektrolita korištenjem dielektrične spektroskopije, konduktometrije, fluorescencijske korelacijske spektroskopije (fluorescence correlation spectroscopy, FCS), raspršenjem X-zraka u male kuteve (small angle X-ray scattering, SAXS) i pretražne mikroskopije atomskih sila (atomic force microscopy, AFM).
  • protein-DNA i protein-RNA interakcije
  • teorijsko istraživanje kompleksacije proteina i DNA molekula. Od posebnog su interesa RNA virusi kao sustavi koji se spontano samosastavljaju. Istražuju se i DNA virusi pogotovo s obzirom na kondenzirane faze DNA molekule u unutrašnjosti virusa, ovisno o prisustvu jednovalentnih i dvovalentnih iona
  • protein-protein interakcije bazirane na elektrostatici naboja na proteinima u otopinama i ovisno o pH i slanosti otopine (Poisson-Boltzmann)

Znanstveni projekti

Center of Excellence for Advanced Materials and Sensing Devices,
Research unit: Science of Graphene and Related 2D Structures

MZOS / EU strukturni fondovi
10.11.2014. - 10.11.2019.
Voditelj: Marko Kralj
Suradnici: Damir Aumiler, Ticijana Ban, Antonio Šiber, Nataša Vujičić, Tomislav Vuletić, Borna Pielić, Valentino Jadriško, Iva Šrut Rakić, Ida Delač Marion, Marin Petrović, Borna Radatović, Mihovil Jurdana, Iva Bogdanović Radović (IRB), Hrvoje Buljan (PMF), Maja Buljan (IRB), Andreja Gajović (IRB), Ivan Halasz (IRB), Predrag Lazić (IRB)
Područja istraživanja: Fizika površina, Fizika čvrstog stanja, Biološka fizika, Atomska i molekularna fizika

 

Publikacije

image

I. Jurić, V. González-Pérez, J. M. Hibberd, G. Edwards, and N. J. BurroughsSize matters for single-cell C4 photosynthesis in Bienertia
J. Exp. Bot. 68 (2), 255-267 (2017)
DOI: 10.1093/jxb/erw374 20170101Preuzimanje publikacije

image

Roman D. Bulushev, Sanjin Marion, Ekaterina Petrova, Sebastian J. Davis, Sebastian J. Maerkl, and Aleksandra RadenovicSingle Molecule Localization and Discrimination of DNA–Protein Complexes by Controlled Translocation Through Nanocapillaries
Nano Lett. 16 (12), 7882–7890 (2016)
DOI: 10.1021/acs.nanolett.6b04165 20161107

S. Marion, I. Delač Marion, N. Maltar-Strmečki, S. Josef-Golubić, and T. Vuletić, editorsABC of Physics of Life : book of abstracts
(Institut za fiziku, Hrvatsko biofizičko društvo, Zagreb, 2016)
Preuzimanje publikacije (PDF - 9.66 MB)

image

K. Serec, S. Dolanski Babić, R. Podgornik and S. TomićEffect of magnesium ions on the structure of DNA thin films: an infrared spectroscopy study
Nucleic Acid Research 44, 8456-8464 (2016)
DOI: 10.1093/nar/gkw696 20160802

image

A. ŠiberShapes of minimal-energy DNA ropes condensed in confinement
Sci. Rep. 6, 29012 (8pp) (2016)
DOI: 10.1038/srep29012 20160701

image

R. D. Bulushev, S. Marion, and A. RadenovicRelevance of the Drag Force during Controlled Translocation of a DNA–Protein Complex through a Glass Nanocapillary
Nano Letters 15 (10), 7118-7125 (2015)
DOI: 10.1021/acs.nanolett.5b03264 20150922

Danijel GrgičinDynamics and strucutre of deoxyribonucleic acid salt solutions: influence of counterion valency
Institut za fiziku, 2015
Preuzimanje publikacije (PDF - 8.82 MB)

I. Delač Marion, D. Grgičin, K. Salamon, S. Bernstorff, and T. VuletićPolyelectrolyte Composite: Hyaluronic Acid Mixture with DNA
Macromolecules 48 (8), 2686–2696 (2015)
DOI: 10.1021/ma502090x 20150415

A. J. Pérez-Berná, S. Marion, F. Javier Chichón, J. J. Fernández, Dennis, C. Winkler, J. L. Carrascosa, A. C. Steven, A. Šiber, and C. San MartínDistribution of DNA-condensing protein complexes in the adenovirus core
Nucleic Acids Res. 43 (8), 4274-4283 (2015)
DOI: 10.1093/nar/gkv187 20150327

S. Marion and A. ŠiberEjecting phage DNA against cellular turgor pressure
Biophys. J. 107 (8), 1924-1929 (2014)
DOI: 10.1016/j.bpj.2014.09.002 20141021

D. Pelc, S. Marion, M. Požek, and M. BasletićRole of microscopic phase separation in gelation of aqueous gelatin solutions
Soft Matter 10, 348-356 (2014)
DOI: 10.1039/C3SM52542B 20140101

D. Grgičin, S. Dolanski Babić, T. Ivek, S. Tomić, and R. PodgornikEffect of magnesium ions on dielectric relaxation in semidilute DNA aqueous solutions
Phys. Rev. E 88, 052703 (8pp) (2013)
DOI: 10.1103/PhysRevE.88.052703 20131105

M. Popović and A. ŠiberLattice-gas Poisson-Boltzmann approach for sterically asymmetric electrolytes
Phys. Rev. E 88, 022302 (5pp) (2013)
DOI: 10.1103/PhysRevE.88.022302 20130808

S. Tomić, D. Grgičin, T. Vuletić, S. Dolanski Babić, T. Ivek, and R. PodgornikDNA in aqueous solutions with repulsive interactions: structure determined on the basis of dielectric spectroscopy measurements
in Bioinformatics and biological physics: proceedings of the scientific meeting, editor V. Paar (HAZU, Zagreb, 2013), pp. 159-176
Preuzimanje publikacije

A. Šiber and P. ZiherlMany-body contact repulsion of deformable disks
Phys. Rev. Lett. 110, 214301 (5pp) (2013)
DOI: 10.1103/PhysRevLett.110.214301 20130524

A. Horvatić, I. Dodig, T. Vuletić, D. Pavoković, Z. Hameršak, A. Butorac, and M. CindrićComparison between enhanced MALDI in-source decay by ammonium persulfate and N- or C-terminal derivatization methods for detailed peptide structure determination
Anal. Chem. 85, 3940-3947 (2013)
DOI: 10.1021/ac303436n 20130312

A. L. Božič, A. Šiber, and R. PodgornikStatistical analysis of sizes and shapes of virus capsids and their resulting elastic properties
J. Biol. Phys. 39, 215-228 (2013)
DOI: 10.1007/s10867-013-9302-3 20130301

Završeni znanstveni projekti

NanoporeArray: Ion-beam patterned nanopore arrays in polymer supported 2D materials

Provjera inovativnog koncepta PoC
01.06.2016. - 31.05.2017.
Voditelj: Marko Kralj
Suradnici: Tomislav Vuletić, Mihovil Jurdana,  
Područja istraživanja: Fizika površina, Biološka fizika

QuartzNano: Senzori za kvarcnu mikrovagu unaprijeđeni na nanoskali

Provjera inovativnog koncepta PoC
01.06.2016. - 31.05.2017.
Voditelj: Tomislav Vuletić
Suradnici: Marko Kralj, Borna Pielić,
Područja istraživanja: Biološka fizika, Fizika površina

Istraživanje ligand-receptor vezanja u prisustvu molekula krioprotektanata

MZOS
01.01.2014. - 31.12.2015.
Voditelj: Tomislav Vuletić
Suradnici: P. Hinterdorfer
Područja istraživanja: Biološka fizika

Utjecaj iona na interakciju lipdnih mnogodvosloja: kada viševalentni ion postaje polion

MZOS
01.01.2014. - 31.12.2015.
Voditelj: Tomislav Vuletić
Suradnici: G. Pabst
Područja istraživanja: Biološka fizika

Confined DNA

UKF
15.10.2013. - 14.10.2015.
Voditelj: Tomislav Vuletić
Područja istraživanja: Biološka fizika

Protein Assisted DNA Monolayer Assembly

UKF
01.01.2008. - 31.12.2009.
Voditelj: Tomislav Vuletić
Područja istraživanja: Biološka fizika

Energetskom kompeticijom uvjetovani oblici i strukture nanometarskih sustava

MZOS - 035-0352828-2837
01.01.2007. - 31.12.2014.
Voditelj: Antonio Šiber
Područja istraživanja: Biološka fizika

IF Ⓒ 2017 Ndoc Deda